Tartu vanausulised ühinesid kogudusse 1740. aastal. Juba XVIII sajandi lõpus oli nende seas väga jõukaid ja lugupetud inimesi nagu III gildi kaupmehed F. Grebenštšikov ja M. Rundaltsov. 1826. aastaks oli Tartus 145 vanausulist (70 meest ja 75 naist), 1833. aastaks vastavalt 67 meest ja 90 naist. 1846. aasta andmetel oli maakonnalinnas Dorpatis registreeritud 296 vanausulist, kes ei palvetanud tsaari eest ja 10 vanausulist, kes tunnistasid vaimulikkonda. Koguduse liikmetel oli olemas väike puitpalvela ja vaestemaja, milles elas korraga kuni kümme inimest.

Nikolai I valitsemise ajal Dorpati vanausulisi represseeriti ning nad olid range politseijärelvalve all. 1835. aastal suleti vanausuliste laste kool, järgmisel aastal saadeti õigeusu kloostrisse 79-aastane kirikuõpetaja Abram Danilov ja Makar Vassiljev, sest nad ristisid õigeusklikke ümber vanausku. Kirikuõpetaja kohale asus Ivan Fadejevitš Ptitškin, seejärel Nikolai Mošarov. 1849. aastal saadeti viimane välja Wesenbergi (Rakveresse), kust tal lubati naasta alles 1857. aastal.

Ent mitte ainult kirikuõpetajad ei astunud kohtu ette oma usutunnistuse tõttu. 1847. aastal algatati kohtuasi Dorpati kodanlase Agafja Fjodorova vastu, kes soovis kasvatada oma lapsi vanausu vaimus. Vanausulistele esitati mitmeid süüdistusi nekrutiks minekust hoidumises ja elamislubade ebaseaduslikus edasiandmises. 1851. aastal tehti katse tuua Dorpati palvemaja vaimulikkonda ühisusuline salmilaulja, et agiteerida vanausulisi ühisusku üle minema ja sundida lapsi õigeusku ristima. 1859. aastal keelati Dorpati vanausulistele oma kirikuõpetajad, palvetada lubati vaid eramajades. Püstitati küsimus vanausuliste kalmistu kaotamise kohta.

XIX saj 60. aastate alguses jättis valitsus, mis oli ametis globaalsete reformide läbiviimisega, vanausulised rahule. 1862. aastal alustati koguduse vahenditest palvemaja ehitamist Põik tänaval; sellel ei olnud ei kellatorne ega muid tunnusmärke. Maatüki kinnistusraamatu numbriga 296 annetas lesk Anastassija Korabljova. 1864. a ostis selle üles Vassili Timofejevitš Barhov. 11. detsembril 1865. a kinnistati Põik tänava maatükk, „millel asus tugev puitmaja”, kaupmees Semjon Petrovitš Rundaltsevi nimele, kes osales agaralt palvemaja ehitamises. Sellest ajast peale hakati jumalateenistusi pidama palvemajas. 1908. a pärast S. Rundaltsovi surma algas vastavalt tema testamendile maatüki kinnistamise protsess „Liivimaa kubermangu Dorpati linna vanausuliste pomoorlaste kogukonna nimele”, mis lõppes koguduse kandmisega kinnistusraamarusse 23. jaanuaril 1910. a.

XIX sajandi teisel poolel oli Dorpatis juba ligi 500 vanausulist, kes asusid elama kompaktselt, enamasti III politseijaoskonna territooriumile. Nende hulgas oli inimesi, kes seisid väikekodanlaste valgustamise eest, kelle hulka nad ise kuulusid. Dorpati vanausulisest kaupmees Pjort Jakovlevitš Šamajev pärandas oma varanduse linnale. 1872. aastal asutati selle protsentidest Šamajevi stipendium, mida said väikekodanlaste peredest pärit õppurid. Seda stipendiumi sai näiteks Gustav Suits õpingute ajal Helsingi Ülikoolis. Eesti Vabariigis haldas seda stipendiumi Tartu linnavalitsus, Šamajevi stipendiumi said nii eestlastest kui ka venelastest vaesed üliõpilased. Šamajevi portree rippus kuni 1917. aastani Baltikumi vanima Aleksandri Gümnaasiumi aulas (praegune M. Reiniku kool). Dorpati väikekodanlastest vanausulised astusid sugulussidemetesse Peipsimaa vanausulistega ning seetõttu toimus nende liikumine maalt linna ja vastupidi.

XIX sajandil olid Dorpati palvemaja kirikuõpetajateks lisaks juba mainitud A. Danilovile, M. Vassiljevile ja N. Mošarovile ka Prokofi Ivanovitš Kondratjev ja Ivan Harlampijevitš Bondarev. Vastavalt 1897. aasta rahvaloenduse andmetele oli Tartu vanausuliste arv tõusnud 465 inimeseni (202 meest ja 254 naist), neis kirjaoskajaid 167 (115 meest ja 52 naist).

Vastavalt 1906. aasta 17. oktoobri ukaasile registreeriti Tartu vanausuliste kogudus nime all Liivimaa kubermangu Jurjevi linna pomoorlaste kogudus. Tartu kogudust juhatas 9-liikmeline nõukogu, mida valiti kolmeks aastaks ja selle eesotsas oli juhatus. Moodustati koguduse nõukogu, mida 1909. a juhatas Ivan Saveljevitš Kozlov, esimehe abiks valiti Pjotr Frolovitš Belobvrov. 1913. aastal kuulusid Tartu vanausuliste koguduse juhatusse Ivan Sõštšikov (esimees), Ivan Sokolov (esimehe asetäitja), Fjodor Orlov, Pjotr Belobrov, Ivan Kolišenkov, Ilja Nikolajev, Ivan Annuškin, Ivan Polin ja Fedot Peklevkin. Kirikuõpetaja oli Gavriil Jakovlevitš Sõštšikov, tema pidas ka meetrikaraamatuid, sest oli ka koguduse eestseisja.

Eesti Vabariigi väljakuulutamisega 1918. aasta veebruaris nimetati Jurjevi vanausuliste kogudus ümber Tartu koguduseks. Seda registreeriti ümber kolmel korral (1924., 1926., 1936. aastal). 1920. aastate alguses käisid vanausuliste jumalateenistusel mõnda aega ka Uspenski kiriku koguduse liikmed, sest viimases peeti jumalateenistusi uue kalendri järgi.

Tartu kogudus võttis aktiivselt osa Eesti Vanausu Kiriku rajamises. Vastavalt V vanausuliste kongressi otsusele asus Eesti Vanausu Kiriku keskus, mille eesotsas oli J. Grišakov, aastatel 1928-1932 Tartus. 1929. aasta novembris toimus Tartu palvemajas VI vanausuliste kongress, millest võtsid osa kaheksa koguduse esindajad.

1930. aastate alguseks oli Tartu koguduses 450 liiget, 1939. a oli liikmeid juba ligi 500. Palvemaja kambris töötas raamatukogu. Kuni 1930. a oli kirikuõpetaja G. Sõštšikov, kelle vahetas ametis välja Andrei Jakovlevitš Kabatski (1871-1956). Koguduse juhatusse kuulusid I. Sokolov, Z. Kuznetsov jt. 1920.-1930. aastatel mängis koguduse elus olulist rolli Jefrem Jakovlevitš Grišakov, keda valiti korduvalt Eesti Vanausuliste Kiriku Kesknõukogu esimeheks ja Eesti Vanausuliste Koguduste Liidu esimeheks (1938). Ehituskomitee esimehena algatas ta palvemajale kivist kirikutorni juurdeehituse. Kirikutorni projekteeris 1931. aastal arhitekt A. Podtšekajev. 1931.-1935. aastatel kuulus Tartu vanausuliste kogudusse tuntud vanausu tegelane Lev Sergejevitš Murnikov, kes organiseeris koos L. Griškovi, J. Grišakovi pojaga, laste jaoks pühapäevakooli.

1932.-1940. aastatel töötas Tartus vanausuliste noortering, mille asutajateks olid J. Grišakov, I. Anuškin ja Z. Kuznetsov ning mida juhatasid Z. Kuznetsov ja L. Grišakov. Noorteringis viidi läbi vaimuvalgustuslikku tööd nii laste kui täiskasvanutega, moodustati vaeste koguduste abistamise fond, korraldati lastepidusid. 1940. aasta aprillis avati noorteringi filiaal Kükita külas, seda juhatas K. Malõšev. Koguduse juures tegutses suurepärane kirikukoor.

Nõukogude vägede sissetung Eestisse 1940. aastal ning hilisem Saksa okupatsioon katkestas koguduse elu normaalse arengu. Noortering lõpetas töö. 12. juulil 1941. a põlesid pommitamise tagajärjel tekkinud tulekahjus maha palvemaja kellatorn, raamatukogu ja ikonostaas. Osa vanausulisi pidas ühispalvusi J. Grišakovi majas Riia tn 8, kirikuõpetaja oli Fjodor Grigorjevitš Lizunov. Ülejõel pidas jumalateenistusi A. Kabatski. Need toimusid Anna Davõdovna Antonova majas Raatuse tn 58.

Pärast sõda Tartu vanausuliste kogudus taasühines. Erinevalt teistest kogudustest seda ei registreeritud, sest ei õnnestunud märkida aadressi, kus toimusid jumalateenistused (1944. a J. Grišakovi maja ja Põik tn asunud palvela hävisid). Hiljem oli ümberregistreerimine tunduvalt raskem. 1948. aastal taastati palvemaja säilinud osa, kuid selles hakkas paiknema majavalitsuse kantselei. Tartu vanausuliste kogudusel õnnestus registreeruda alles 1955. aastal. Pärast mitmekordseid palvete esitamisi tagastati palvemaja vanausulistele. Koguduse juhatusse, kes tegeles palvela ülevõtmise ja sisseseadmisega, kuulusid A. Murnikov (esimees), I. Kopalinov, K. Smirnov, R. Mõznikova, P. Savostkin, M. Remets. A. Stepanov ja F. Lizunov. Palvemaja sisseseadmiseks koguti kirikuraamatuid ja ikoone üle kogu Eesti. Osa ikonostaasist maalis G. Frolovi õpilane M. Solntsev. Vanausulised soovisid palvemaja täielikku taastamist, kuid ei saanud selleks võimudelt luba.

Nõukogude ajal olid kirikuõpetajateks Samson Timofejevitš Kobõlkin, Ignati Grigorjevitš Rodionov, Aleksandr Lvovitš Murrnikov, Lavrenti Jefremovitš Grišakov, Lavrenti Vassiljevitš Grišakov, Ivan Saveljevitš Kulev, Potapi Jermilovitš Savostkin. Juhatuse esimehe ametisse olid valitud A. Murnikov, P. Savostkin, A. Grišakov, V. Feklistov, G. Tuksov.

2000. aasta rahvaloenduse andmetel kuulutas 483 üle 15-aastase tartlase end vanausuliseks. Käesoleval ajal on Tartu koguduses registreeritud 167 liiget, palvemaja külastavate inimeste arv ületab 300. Alates 1997. aastast peab suuremat osa jumalateenistusi Jekaterina Fokijevna Grišakova; aastast 2003 tegeleb koguduse asjaajamisega Anna Nikolajevna Ostova. Tartu kogudusse kuuluvad ka umbes 70 kilomeetri kaugusel Tartust asuva Berezje küla elanikud. Tartu vanausuliste seas on tuntud inimesi: Eesti Vanausuliste Koguduste Liidu esimees P. Varunin, füüsika-matemaatika teaduste kandidaat F. Savihhin, vanausu ajaloolane V. Grišakov. Tartu vanausuliste kogudusse kuulus ka Peipsimaa murrete uurija, Tartu Ülikooli õppejõud T. Murnikova (1913-1989), kes oli kirikuõpetaja A. Murnikovi abikaasa.